いいえ、適用されます。

m-FILTER詳細設定画面の [偽装メール > 偽装メール対策編集(SMTP)] でアンチスパム設定を「送信」にした場合、
次の偽装メール判定処理が行われます。
その後、フィルタールールの判定に移りますが、その際に共通スパムルールセット、スパムルールセットの
ルール判定処理が行われます。




参考）
アンチスパム設定の挙動は以下の通りです。
 
送信：隔離や削除は行わず、そのまま次の判定に進みます。
　　　偽装判定が行われた後、スパムルールセットの判定に進みます。
 
隔離：偽装メール対策の「隔離」アクションが実行されます。
　　　該当メールはメール隔離先に保存されるため、「保存メール」からは閲覧できません。
 
削除：偽装メール対策の「削除」アクションが実行されます。
　　　該当メールは保存されず削除されます。