Acrobat Readerの印刷先をプリンタ出力ではなく、ファイルに出力するように設定した状態で、
暗号化されたPDFファイルの印刷操作を行うと「ファイルに出力」または「Print To File」という
ダイアログが表示されます。
ここで任意のフォルダにファイルの保存を行う操作をすると、FinalCodeのセキュリティ機能により
ファイル出力がブロックされます。
FinalCodeによるブロックが行われた場合は「この機能はFinalCodeによって無効にされています。」
と表示され、ファイル出力はキャンセルされます。また、印刷も行われません。

参考：「ファイルに出力」のダイアログ


参考：「この機能はFinalCodeによって無効にされています。」のメッセージ


プリンタへの印刷を行うためには、Acrobat Readerの設定を以下のように変更する必要があります。

1. [ファイル]→[印刷] にて、印刷ダイアログを開きます。
2. 印刷ダイアログにて、[詳細設定]ボタンをクリックします。
3. 詳細設定ダイアログの「ファイルへ出力」のチェックボックスをオフにします。

上記設定変更後に、再度印刷操作を行ってください。