以下の理由が考えられます。
■見せたくないサイトの登録方法が間違っている
見せたくないサイトとしてURLが登録されている場合、そのURLが部分的に一致するサイトをブロックします。例えば、見せたくないサイトとして「http://」などを登録してしまうと、ほとんどすべてのサイトがブロックされます。
見せたくないサイトについて詳しくはマニュアル【見せたくないサイトの設定をする】をご覧ください。
■ホワイトリスト機能を有効にしている
ホワイトリストの機能が有効になっていると、フィルター強度設定、見せたくないサイト、見せて良いサイト、ダウンロード禁止、セーフサーチ連動（もしくは、検索結果フィルター）、単語フィルター、ページスキャン、PICS フィルターは無効になります。
ホワイトリスト機能を使わずフィルタリングするには、ホワイトリスト機能を無効にする必要があります。ホワイトリスト機能について詳しくはマニュアル【登録したサイトだけを見せる（ ホワイトリスト）】をご覧ください。
※補足
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「検索結果フィルター」はバージョン6.00.46以前をご利用の場合に動作します。 バージョン6.00.47以降をご利用の場合は、「セーフサーチ連動」に変更されます。